É possível a existência de imóveis rurais registrados no INCRA, mas sem matrícula?

⚜️Sim, é perfeitamente possível.

Tenha em mente que o registro no INCRA é para fins administrativos, enquanto a matrícula é para fins de direito (propriedade). Ou seja, a existência de registro no INCRA não depende de cartório, é apenas uma ferramenta de controle do estado.